Unos años antes, el museo había sufrido el robo de otras piezas de arte, lo cual hizo suponer a la policía que ambos acontecimientos estaban relacionados. Algunos de los acusados por este robo fueron el escritor Guillaume Apollinaire, que con anterioridad había incitado a la quema del museo, el pintor Pablo Picasso, que tenía antecedentes de comprar arte robado, el aventurero belga Honoré-Joseph Géry Pieret, que confesó ser el autor del robo de 1906, pero no del de La Gioconda.
Durante su ausencia en el museo, la afluencia de visitantes continuaba, aunque en menor número, a apreciar el hueco en la pared. La pintura de la Mona Lisa sería recuperada dos años y medio después del robo cuando Perugia, el verdadero ladrón, intentó vender el cuadro original al director de la Galleria degli Uffizi, que llamó a la policía. El robo en realidad había sido muy sencillo:
"Un comerciante argentino llamado Eduardo Valfierno convenció al carpintero italiano Vincenzo Perugia (ex empleado del Museo del Louvre) para que robase el cuadro, con el fin de venderlo por una cifra millonaria. El 21 de agosto de 1911, Perugia llegó al Museo del Louvre a las 7 de la mañana, vestido con una gabardina blanca como las que usaba el personal del museo, descolgó el cuadro y a continuación, en la escalera Visconti, retiró la tabla de su marco, abandonando este último. Poco después salió del museo con el cuadro escondido bajo su ropa."
Durante el tiempo que el cuadro pasó desaparecido, Valfierno hizo negocio con varios coleccionistas de arte, a quienes les vendió falsificaciones del cuadro robado por el precio de trescientos mil dólares cada una. Antes de regresar al museo, la pintura se exhibió en Florencia, Roma y Milán.
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